真宗出雲路派　本山　毫攝寺

天福元年(1233)、宗祖　親鸞聖人が山城国愛宕郡出雲路（現京都市左京区）に草庵をつくり長男 善鸞上人（2代）に附与されたのがはじまりです。

その後、覚如上人の末子 善入上人（3代）を住持に迎えて今出川に毫摂寺を建立しました。その子、善智上人（4代）は請われて越前　証誠寺の住持を兼ねていましたが、応仁の乱の兵火で京都の堂宇は灰燼に帰し、善幸上人（5代）はご母堂とともに越前山元庄（現鯖江市水落）に下向して証誠寺に寄寓しました。善智上人の室、妙欽尼は本願寺5代　綽如上人の孫（荒川興行寺周覚の娘）であり、さらに善智上人は、妙欽尼の弟を養子にするなど、本願寺一族が越前進出を着々と進めていたことがうかがわれます。

善鎮上人（8代）は山元庄に毫摂寺を再興しますが、果たして文明14年（1482）、多数の門末を引き連れて本願寺　蓮如上人に合流して山科に去り、寺勢は大いに衰えることになりました。善鎮上人は、後に正闡坊として越前に戻り、府中御堂陽願寺（本願寺派）を建立しました。

天正3年（1575)、善秀上人(11代）のとき、織田信長軍と一向一揆勢の戦いに巻き込まれて堂宇が焼失しました。毫摂寺は横越庄にあった証誠寺に再び留錫しましたが、ほどなく証誠寺と争いがおき、証誠寺との兄弟のごとき本末関係はここに終わります。

柳原家より迎えた善照上人(12代）が慶長元年(1596)、現在地である清水頭に寺基を定め、再建しました。この地には聖徳太子堂があったといわれています。善照上人は、越前各地で強力に教化を推し進め、毫摂寺再興につくされました。これにより、善照上人は、中興とされています。

門前町の様相を呈するこの一帯を「五分市（ごぶいち）」と呼ぶため、通称「五分市本山」といわれています。

光明天皇、後柏原天皇、後陽成天皇より勅願所の綸旨を賜り、江戸時代は院家として天台宗青蓮院に属していました。菖蒲菱の寺紋は花山院宮に由来します。歴代門主は花山院宮の猶子となる習わしでした。
※　なお、近代の研究によれば本願寺三世 覚如上人の高弟 乗専が覚如上人の号を賜り、京都出雲路に毫摂寺を創建したとされています。乗専は覚如上人の第四子　善入（善性上人）を住持に迎えましたが、乗専没後、出雲路の堂宇は兵火で焼け、ご母堂が次男善鎮と三男善智をつれてご当時本末関係にあった越前山元庄の証誠寺を頼って下向されました。善鎮上人は、越前毫摂寺を開き、長男の善秀上人は京都に残って、後に、摂津小浜庄に毫摂寺（本願寺派）を創建したといわれています。